我們的優(yōu)勢(shì)

樣本要求

樣本來(lái)源：人、大小鼠，其他物種需評(píng)估
樣本類(lèi)型：細(xì)胞、組織、RNA
樣品量：
a) 細(xì)胞>5×106
b) 組織>10~20mg
c) RNA：500 ng~20 μg (OD260/280：1.8~2.2; 28S:18S>1，RIN>6.5; RNA無(wú)明顯降解)
注：具體樣本量可根據(jù)細(xì)胞和組織的RNA得率進(jìn)行調(diào)整；樣本處理和寄送條件請(qǐng)咨詢(xún)當(dāng)?shù)劁N(xiāo)售經(jīng)理。


測(cè)序方案

測(cè)序平臺(tái)測(cè)序模式數(shù)據(jù)量（/樣）Illumina 平臺(tái)PE150meRIP-seq組
10G Total data對(duì)照RNA-seq組
10G Total data

技術(shù)流程

 

案例分享

芝加哥大學(xué)Chuan He與Yu-Ying He課題組7月3日共同發(fā)表在nature communications的重要文章。這篇文章揭示了去甲基化酶FTO的m 6 A-mRNA去甲基化促進(jìn)黑素瘤生長(zhǎng)并降低對(duì)抗PD-1阻斷免疫療法的反應(yīng)。

黑色素瘤是美國(guó)最致命的人類(lèi)癌癥之一，雖然抗PD-1阻斷免疫療法使越來(lái)越多的黑色素瘤患者受益，然而超過(guò)一半的患者對(duì)免疫治療沒(méi)有持久的反應(yīng)。過(guò)去的研究中，黑色素瘤在分子和細(xì)胞水平的研究取得了巨大進(jìn)展，然而總體而言，我們對(duì)黑色素瘤的發(fā)展和治療反應(yīng)的分子機(jī)制的了解仍然有限。
本研究首先發(fā)現(xiàn)人黑色素瘤細(xì)胞中FTO表達(dá)增加，且促進(jìn)了小鼠黑素瘤的腫瘤發(fā)生。FTO敲低后，利用Dot blot發(fā)現(xiàn)黑色素瘤細(xì)胞系中m6A水平上升，且FTO敲低對(duì)細(xì)胞的影響能夠被METTL3/14敲低遏制，表明FTO功能受m6A修飾調(diào)控。利用MeRIP-seq發(fā)現(xiàn)，敲除FTO可增加基因5’UTR和3’UTR的甲基化水平，和m6A修飾的基因數(shù)。另外MeRIP-seq結(jié)合m6A IP qPCR發(fā)現(xiàn)，敲除FTO可減少PD-1，CXCR4和SOX10這些黑色素瘤促癌因子的表達(dá)，m6A水平上升。qPCR和WB也印證了敲低FTO能降低黑色素瘤細(xì)胞中PD-1，CXCR4和SOX10的mRNA和蛋白表達(dá)量，同時(shí)敲低METTL3 和METTL14可以逆轉(zhuǎn)FTO的功能。FTO是通過(guò)自噬和NF-κB途徑由代謝饑餓應(yīng)激誘導(dǎo)表達(dá)的。敲低FTO促進(jìn)IFNg刺激下的細(xì)胞死亡和生長(zhǎng)受阻，使黑色素瘤細(xì)胞對(duì)干擾素γ（IFNγ）敏感，并使黑色素瘤對(duì)小鼠的抗PD-1治療敏感，表明FTO抑制與抗PD-1阻斷劑的組合可能會(huì)降低黑色素瘤對(duì)免疫療法的耐藥性。

文獻(xiàn)來(lái)源：
Seungwon Yang. et al. m6A mRNA demethylase FTO regulates melanoma tumorigenicity and response to anti-PD-1 blockade. Nature Communications. (2019) 10:2782.

華銀健康高通量測(cè)序檢測(cè)中心

中心定位于科研服務(wù)與臨床醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化應(yīng)用，致力于生物醫(yī)學(xué)各領(lǐng)域的相關(guān)研究與測(cè)序大數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，為各大高校、醫(yī)院和科研單位提供醫(yī)學(xué)科研項(xiàng)目的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、測(cè)序方案和數(shù)據(jù)分析為一體的一站式服務(wù)。形成以臨床應(yīng)用為導(dǎo)向的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心，力爭(zhēng)為客戶(hù)提供專(zhuān)業(yè)、快速的臨床醫(yī)學(xué)檢測(cè)服務(wù)。
目前，華銀高通量檢測(cè)平臺(tái)擁有Illumina和Thermo Fisher等高通量測(cè)序儀組成的大規(guī)模高通量測(cè)序服務(wù)平臺(tái)，科研服務(wù)可提供涵蓋外泌體組學(xué)、免疫組學(xué)、基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、微生物組學(xué)、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)等各種測(cè)序服務(wù)和高級(jí)生物信息分析服務(wù)；臨床檢測(cè)服務(wù)包括遺傳性腎病全譜基因檢測(cè)、臨床病原微生物檢測(cè)、腫瘤分子病理檢測(cè)等服務(wù)。

微量meRIP-seq,微量meRIP-seq

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