華銀健康｜開學(xué)季，簽單送豪禮
活動時間：9月1日-10月1日
10X 單細胞轉(zhuǎn)錄組測序、m6A 甲基化測序、全轉(zhuǎn)錄組測序
活動期間，達到簽單要求的客戶均可享受華銀健康高通量測序VIP價格，簽單金額高，享受的優(yōu)惠幅度越大！



傳統(tǒng)的高通量測序是對某一組織整體的細胞合集進行測序和分析，而某一個細胞的基因信息則會被整體覆蓋。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，人們對基因組與表型之間的關(guān)系認識越來越深刻，單個細胞也有可能攜帶重要的信息。
10x單細胞測序是使用10x genomics平臺，將單細胞懸液中的每個細胞分別進行標(biāo)記，再通過逆轉(zhuǎn)錄和PCR建庫測序，分析單個細胞的轉(zhuǎn)錄組信息。單細胞測序可以揭示復(fù)雜細胞群體的異質(zhì)性，避免單個細胞的基因表達信號被群體的平均化所掩蓋。


1、10×單細胞轉(zhuǎn)錄組測實驗方案
     測序策略：Illumina 平臺  PE150
     數(shù)據(jù)量：數(shù)據(jù)量與捕獲的細胞數(shù)量相關(guān)，捕獲細胞越多，產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量也越多，具體如下：

捕獲細胞數(shù)量

平均每個細胞raw reads數(shù)

數(shù)據(jù)量

2000-5000

40~100k

60G

5000-7000

40~60k

90G

7000-10000

40~60k

120G

2、單細胞轉(zhuǎn)錄組測技術(shù)優(yōu)勢
（1）精準(zhǔn)分選：利用10X Genomics平臺，實現(xiàn)真正的單細胞測序；
（2）細胞捕獲率高達65%，可實現(xiàn)大量大細胞的快速高效標(biāo)記、測序和分析；
（3）項目周期短，技術(shù)應(yīng)用范圍廣。

4  單細胞轉(zhuǎn)錄組測信息分析
1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控和定量

1.1 測序序列統(tǒng)計與質(zhì)控

1.2 數(shù)據(jù)定量

1.3 多樣本數(shù)據(jù)合并和定量均一化

1.4 最終鑒定細胞表達量矩陣

2 細胞亞群分類
2.1細胞過濾
2.2單細胞亞群分類
3 Marker基因分析
4 差異富集分析
4.1差異基因GO富集性分析
4.2 差異基因KEGG富集性分析
5 高級分析
5.1 已知基因在細胞亞群表達分布及熱圖
5.2 細胞分化擬時序分析
5.3 細胞相互作用圖譜
5.4 加權(quán)基因共表達（WGCNA）分析
5.5 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析
5.6 細胞周期鑒定


4、技術(shù)流程

5、單細胞轉(zhuǎn)錄組測案例分析
案例（1）Nature | 對可重復(fù)形成人體大腦皮層的“微型人腦”單細胞多樣性研究

通過對LN患者和健康個體的腎臟、血液和尿液樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序分析，結(jié)果顯示，血液與腎臟中檢測到的細胞分子特征存在相似性和差異性，而尿液與腎臟中白細胞亞群的分子活化狀態(tài)高度相關(guān)，有望作為腎臟活檢的代替物。使用低分辨率聚類將所取腎臟細胞分為了10個集群，基于譜系標(biāo)記基因和其他基因上調(diào)，將集群標(biāo)記為髓細胞（C4,C6）、T/NK細胞（C0,C1,C2,C5）、B細胞（C3,C8）、分裂細胞（C9）和腎上皮細胞（C7）。接下來，將每個譜系的細胞分別進行聚類，一共確定了21個免疫細胞集群和一個上皮細胞集群（圖2）。 

案例（2）Nature Immunology | 狼瘡性腎炎患者的腎臟免疫細胞組成單細胞測序分析
 

通過對LN患者和健康個體的腎臟、血液和尿液樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序分析，結(jié)果顯示，血液與腎臟中檢測到的細胞分子特征存在相似性和差異性，而尿液與腎臟中白細胞亞群的分子活化狀態(tài)高度相關(guān)，有望作為腎臟活檢的代替物。
使用低分辨率聚類將所取腎臟細胞分為了10個集群，基于譜系標(biāo)記基因和其他基因上調(diào)，將集群標(biāo)記為髓細胞（C4,C6）、T/NK細胞（C0,C1,C2,C5）、B細胞（C3,C8）、分裂細胞（C9）和腎上皮細胞（C7）。接下來，將每個譜系的細胞分別進行聚類，一共確定了21個免疫細胞集群和一個上皮細胞集群（圖2）。
研究利用單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究從LN患者和活體供體對照中獲得的腎臟樣本，揭示了LN腎臟免疫群體的復(fù)雜性，識別了髓細胞、NK細胞、T細胞和B細胞等多種疾病特異性亞群。研究發(fā)現(xiàn)： 大量的分裂細胞和NK細胞,表明IFNγ和細胞溶解分子的主要來源，CD8+T細胞中衰竭標(biāo)記的少量表達表明了LN中的細胞毒性。浸潤白細胞的干擾素反應(yīng)特征與血液中，趨化因子受體CXCR4和CX3CR1在腎臟免疫細胞中頻繁表達，提示它們可能是潛在的治療靶點，尿液免疫細胞基因表達與相應(yīng)的腎臟白細胞高度相關(guān)。





參考文獻
[1] Arazi, A., Rao, D. A., Berthier, C. C., Davidson, A., Liu, Y., … Diamond, B. (2019). The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis. Nature Immunology.
[2] Velasco, S., Kedaigle, A. J., Simmons, S. K., Nash, A., Rocha, M., Quadrato, G., … Arlotta, P. (2019). Individual brain organoids reproducibly form cell diversity of the human cerebral cortex. Nature, 570(7762), 523–527.

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