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CRISPR/Cas9系統(tǒng)是當(dāng)今基因編輯領(lǐng)域最熱門的明星工具,2013年,Broad研究所的兩個(gè)研究團(tuán)隊(duì)分別在Science雜志同一期上發(fā)表了CRISPR文庫(kù)的相關(guān)研究。在此之后,基于CRISPR/Cas9的工具得到了快速發(fā)展,CRISPRa,CRISPRi及CRISPR敲除文庫(kù)已經(jīng)廣泛用于證明新的生物學(xué)機(jī)制,如耐藥性和細(xì)胞存活信號(hào)。多篇CNS(Cell、Nature、Science)連續(xù)報(bào)道。利用該技術(shù),研究人員在藥物靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)、基因功能研究、藥物敏感基因研究等領(lǐng)域取得了巨大的成功。
1、HYY現(xiàn)有CRISPR篩選文庫(kù)
2、全基因組CRISPR文庫(kù)有什么作用,能應(yīng)用于哪些方面,相對(duì)其他的有什么優(yōu)勢(shì)?
以全基因敲除文庫(kù)為例(GeCKO),GeCKO文庫(kù)是基于CRISPR-Cas9敲除技術(shù),靶位點(diǎn)覆蓋全基因組的敲除庫(kù)。目前我們所擁有的是人類基因組CRISPR敲除文庫(kù),其涵蓋了19050個(gè)靶基因,每個(gè)基因設(shè)計(jì)了6個(gè)靶位點(diǎn)(分為A,B兩個(gè)子文庫(kù),每個(gè)子文庫(kù)各含3個(gè)靶位點(diǎn)),并涵蓋1864個(gè)miRNA,每個(gè)miRNA有4個(gè)靶位點(diǎn),同時(shí)含有1000個(gè)空白對(duì)照sgRNA質(zhì)粒,共由123411個(gè)sgRNA靶標(biāo)質(zhì)粒組成。
可以將GeCKO文庫(kù)質(zhì)粒進(jìn)行病毒包裝,利用CRISPR敲除文庫(kù)病毒轉(zhuǎn)染目的細(xì)胞,可以獲得該目的細(xì)胞的全基因組敲除的細(xì)胞庫(kù),根據(jù)不同的實(shí)驗(yàn)?zāi)康模捎孟鄳?yīng)的篩選方式獲得存活下來的細(xì)胞,通過高通量測(cè)序,即可得到相應(yīng)的富集的sgRNA靶位點(diǎn),篩選出相應(yīng)的功能缺失型基因。RNA干擾(RNA interference, RNAi)文庫(kù)曾被廣泛應(yīng)用于功能缺失型基因篩選。利用RNA干擾鑒定高等生物基因功能的技術(shù)雖然已經(jīng)普及,甚至被應(yīng)用于高通量、全基因組規(guī)模的功能性篩選中,但是由于RNA干擾不能完全抑制基因表達(dá),常常不足以造成穩(wěn)定的表型變化,從而影響對(duì)基因功能的正確判斷。另外,RNA干擾經(jīng)常伴隨脫靶現(xiàn)象,其基因回補(bǔ)驗(yàn)證的過程也非常繁瑣復(fù)雜,使用起來不盡如人意,因此必將逐步被CRISPR敲除文庫(kù)所取代。
CRISPR Cas9文庫(kù),CRISPR Cas9文庫(kù)
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