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點(diǎn)擊查看下載簡(jiǎn)化重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(RRBS)碧云天NGS測(cè)序 應(yīng)用于基因/測(cè)序相關(guān)資料，進(jìn)一步了解產(chǎn)品。

碧云天高通量測(cè)序生物送樣要求

簡(jiǎn)化重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)是一種準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟(jì)的DNA甲基化研究方法，通過(guò)酶切富集啟動(dòng)子及CpG島區(qū)域，并進(jìn)行Bisulfite測(cè)序，同時(shí)實(shí)現(xiàn)DNA甲基化狀態(tài)檢測(cè)的高分辨率和測(cè)序數(shù)據(jù)的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點(diǎn)，與基因表達(dá)、表型性狀息息相關(guān)。RRBS作為一種高性?xún)r(jià)比的甲基化研究方法，在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有廣泛的應(yīng)用前景。利用RRBS可以實(shí)現(xiàn)多個(gè)樣本的比對(duì)基因組分析。

碧云天高通量測(cè)序與數(shù)據(jù)分析技術(shù)服務(wù)項(xiàng)目表：

備注：質(zhì)檢首次免費(fèi)，如果樣品首次質(zhì)檢不通過(guò)，后續(xù)再進(jìn)行質(zhì)檢每樣加收100元。核酸抽提與質(zhì)檢、自制文庫(kù)質(zhì)檢以及數(shù)據(jù)分析報(bào)價(jià)如下。

碧云天高通量測(cè)序樣品制備與質(zhì)檢技術(shù)服務(wù)項(xiàng)目表：

注：以上樣品制備與質(zhì)檢技術(shù)服務(wù)項(xiàng)目?jī)H作為高通量測(cè)序的配套服務(wù)，不單獨(dú)提供相應(yīng)服務(wù)。

碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)詢(xún)價(jià)與訂購(gòu)：

1. 請(qǐng)您下載并填寫(xiě)《 碧云天高通量測(cè)序服務(wù)詢(xún)價(jià)表》，發(fā)送至ngs@beyotime.com，我們將為您設(shè)計(jì)最佳方案。

2. 若有訂購(gòu)意向，碧云天的高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)人員會(huì)與您聯(lián)系，并簽訂《碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)協(xié)議書(shū)》。

3. 送樣時(shí)，請(qǐng)下載并填寫(xiě)《碧云天高通量測(cè)序生物樣品信息表》，發(fā)送至ngs@beyotime.com或碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)人員郵箱。樣品的具體要求參見(jiàn)《碧云天高通量測(cè)序生物送樣要求》。

碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1. 技術(shù)經(jīng)驗(yàn)豐富：碧云天擁有強(qiáng)大的技術(shù)團(tuán)隊(duì)，具有多年的核酸純化試劑盒開(kāi)發(fā)經(jīng)驗(yàn)，在核酸樣品處理方面有豐富的操作經(jīng)驗(yàn)。

2. 分析能力強(qiáng)：碧云天有專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì)，為您提供完善的分析服務(wù)。

3. 服務(wù)全面快速：碧云天有多年的試劑研發(fā)經(jīng)驗(yàn)，有完備的分子生物學(xué)產(chǎn)品線(xiàn)和完善的生物技術(shù)服務(wù)體系，可為您后繼實(shí)驗(yàn)提供跟蹤服務(wù)。另外，我們承諾以最快的速度去解決您遇到的問(wèn)題。

4. 實(shí)驗(yàn)平臺(tái)靈活：碧云天現(xiàn)在主要利用主流的Illumina平臺(tái)為主，可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮鸵箪`活運(yùn)用不同的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)的優(yōu)勢(shì)。

5. 性?xún)r(jià)比高：碧云天以最優(yōu)惠的價(jià)格為您提供最全面的服務(wù)，幫助您有效節(jié)約實(shí)驗(yàn)成本。

碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)客戶(hù)須知：

1. 樣品寄出前，請(qǐng)給ngs@beyotime.com或碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)人員郵箱發(fā)送一份填寫(xiě)完整的電子版《碧云天高通量測(cè)序生物樣品信息表》；如有特殊情況，請(qǐng)?jiān)诳爝f發(fā)出前與碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)人員電話(huà)聯(lián)系，比如客戶(hù)自送樣品、提前寄送樣品、有其它物品隨樣品一起快遞需要額外點(diǎn)收等，以便安排人手，防止丟失。

2. 請(qǐng)將填寫(xiě)完整的紙質(zhì)版《碧云天高通量測(cè)序生物樣品信息表》以及其它技術(shù)資料(如有)密封于塑料袋內(nèi)，隨樣品一起寄出；協(xié)議書(shū)和硬盤(pán)(數(shù)據(jù)量較大，需硬盤(pán)存儲(chǔ))請(qǐng)另單快遞給對(duì)應(yīng)接收人員，不要與樣品一起快遞，既避免物流分揀環(huán)節(jié)導(dǎo)致合同和硬盤(pán)遺失，也避免干冰或藍(lán)冰冷凝水可能損壞文件和硬盤(pán)。

3. 如果需要進(jìn)行生物信息學(xué)分析，請(qǐng)?jiān)凇侗淘铺旄咄繙y(cè)序生物樣品信息表》的“項(xiàng)目描述”欄目里注明。

4. 樣品置于1.5ml或其它型號(hào)的低吸附離心管里；管上清楚標(biāo)明樣品名稱(chēng)，樣品管上的名稱(chēng)要與《碧云天高通量測(cè)序生物樣品信息表》一致，請(qǐng)雙人核實(shí)無(wú)誤；用parafilm膜把樣品管纏緊密封好；將樣品管置于保護(hù)用的50ml離心管或其它容器里，用適量紙、紗布或棉花塞緊，防止樣品管晃蕩，旋緊蓋子。

5. 根據(jù)樣品類(lèi)型選擇室溫、藍(lán)冰或者干冰包裝，選擇最快的運(yùn)輸方式以免樣品降解；合理安排發(fā)貨時(shí)間，避免周六、周日或法定節(jié)假日到達(dá)，以免樣品丟失。低溫運(yùn)輸采用安全的干冰，不要用危險(xiǎn)的液氮；液氮如果滲進(jìn)樣品管，在溫度發(fā)生變化時(shí)因體積膨脹有可能導(dǎo)致爆炸，毀壞樣品。

6. 項(xiàng)目結(jié)束后，剩余樣品免費(fèi)保存6個(gè)月；如果需要延長(zhǎng)保存期或者返還，請(qǐng)?zhí)崆芭c碧云天高通量測(cè)序技術(shù)服務(wù)人員聯(lián)系。

7. 其它詳細(xì)的樣品要求請(qǐng)見(jiàn)《碧云天高通量測(cè)序生物送樣要求》。

碧云天簡(jiǎn)化重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序技術(shù)服務(wù)項(xiàng)目明細(xì)：

簡(jiǎn)化重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)： 通過(guò)酶切富集啟動(dòng)子及CpG島區(qū)域，并進(jìn)行Bisulfite測(cè)序，從而研究甲基化與基因表達(dá)的相關(guān)性及在生命活動(dòng)中的作用。

技術(shù)流程

技術(shù)參數(shù)

測(cè)序平臺(tái)與方式：HiSeq, PE150
測(cè)序數(shù)據(jù)量：建議5-6 Gb/樣本(約30-40M Reads)
測(cè)序及基礎(chǔ)分析周期：20個(gè)工作日

樣品要求

1. 樣品總量：≥ 3 μg DNA（常規(guī)樣本），≥ 5 μg DNA（FFPE或降解DNA樣本）。

2. 樣品純度：OD_260/280 = 1.8-2.0。

3. 樣品完整性：DNA無(wú)明顯降解與蛋白污染，需提供凝膠電泳檢測(cè)膠圖。

4. 樣品運(yùn)輸：DNA低溫運(yùn)輸(-20℃)；且在運(yùn)輸過(guò)程中請(qǐng)用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染；收到樣品后，甲方需要對(duì)樣品進(jìn)行檢測(cè)，最終樣品的量和純度，以甲方的檢測(cè)結(jié)果為準(zhǔn)。

數(shù)據(jù)分析內(nèi)容

1. 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估(QC)

2. 比對(duì)到參考基因組與數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

3. Promoter與CGI甲基化水平分析

4. Promoter與CGI覆蓋度和測(cè)序深度分析

5. 差異Promoter檢測(cè)

6. 差異Promoter基因GO功能注釋分析

7. 差異Promoter基因的生物學(xué)通路分析

應(yīng)用案例

非CpG島甲基化在人不同類(lèi)型細(xì)胞中的分布和差異
Ziller MJ, Müller F, Liao J, et al. Genomic distribution and inter-sample variation of non-CpG methylation across Human Cell Types. PLoS Genet., 2011,7: e1002389.

DNA甲基化發(fā)育和疾病中起著重要的作用。脊椎動(dòng)物的DNA甲基化主要位點(diǎn)是在CpG二核苷酸的胞嘧啶背景下，此類(lèi)型大約占人類(lèi)細(xì)胞和小鼠細(xì)胞的總甲基化含量四分之三。盡管我們對(duì)CpG甲基化的基因組分布、個(gè)體間的穩(wěn)定性、功能作用有深入的研究，但是對(duì)CPA，CPT和CPC（非CpG島）二核苷酸的DNA甲基化方面知之甚少。
利用RRBS測(cè)序?qū)θ祟?lèi)多功能細(xì)胞和分化細(xì)胞的非CpG甲基化與76個(gè)基因組庫(kù)的DNA甲基化圖譜進(jìn)行深入分析，確認(rèn)非CpG甲基化主要存在多能干細(xì)胞類(lèi)型，與DNMT3表達(dá)水平存在很強(qiáng)的相關(guān)性，并可能與CpG甲基化存在空間上的相關(guān)性。

人類(lèi)不同細(xì)胞類(lèi)型的CpG甲基化和分布情況
CpA甲基化情況和DNMT3基因表達(dá)水平密切相關(guān)

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注：該產(chǎn)品未在中華人民共和國(guó)食品藥品監(jiān)督管理部門(mén)申請(qǐng)醫(yī)療器械注冊(cè)和備案，不可用于臨床診斷或治療等相關(guān)用途